12月 CNS文献精选1 ▏Nature Communications 血浆蛋白质组学谱识别出预测克罗恩病发病前16年的生物标志物2 ▏Nature Communications 循环因果蛋白网络与未来心肌梗死风险相关的研究3 ▏Cancer Cell 从诊断到治疗及复发的人类胶质瘤多组态景观4 ▏Nature Communications 基于质谱的单细胞组蛋白翻译后修饰剖析染色质异质性5 ▏Scientific Reports 血浆蛋白质组学探讨抗PD-(L)1在晚期实体肿瘤中的益处：一项前瞻性试点研究6 ▏Nature Communications 单细胞蛋白质组分析定义了人类胶质母细胞瘤中离散的中性粒细胞功能状态7 ▏Nature Communication 抗脂源性低碳水化合物高多不饱和脂肪饮食或健康北欧饮食与常规护理对2型糖尿病或糖尿病前期患者肝脏脂肪及心脏代谢紊乱的影响：一项随机对照试验 (NAFLDiet)血浆蛋白质组学谱识别出预测克罗恩病发病前 16 年的生物标志物Plasma proteomic profiles identify biomarkers predicting Crohn’s disease up to 16 years before onset目前仍缺乏可靠的工具用于克罗恩病的早期识别。广东省人民医院等多中心研究团队分析了英国生物样本库 39,634 名参与者的 2736 种血浆蛋白质，鉴定出 44 种与克罗恩病发病相关的蛋白质。其中，CD274、CHI3L1、REG1B、ITGAV、PRSS8、ITGA11、GDF15、DEFA1_DEFA1B和IL6在蛋白质重要性排序中位居前列。基于这 9 种蛋白质构建的机器学习模型，在一个地理分布不同的UKB测试队列（n=13,262）中对克罗恩病实现了高预测性能（AUC 0.76），表现优于临床风险模型。该模型在EPIC-Norfolk队列（n=2,944，AUC 0.73）中得到了外部验证，并在中国南方横断面队列（n=74，AUC 0.79）中展现出对克罗恩病的高判别能力。在UKB测试队列中，将蛋白质数据与临床数据结合，可将预测性能提升至AUC 0.78，且预测时间可早至诊断前 16 年。在同一队列中，根据蛋白质模型划定的高风险个体，其罹患克罗恩病的可能性是低风险个体的 4.23 倍。研究结果凸显了基于蛋白质组学的模型作为一种有前景的方法，能够在诊断前长达 16 年预测克罗恩病，为早期筛查和干预提供了可能。▼扫码阅读原文循环因果蛋白网络与未来心肌梗死风险相关的研究Circulating causal protein networks linked to future risk of myocardial infarction血液蛋白质水平的差异已被证实与多种复杂疾病有关，包括心血管疾病。这些关联凸显了局部与系统因素在心血管疾病发展中的复杂相互作用，强调了对其病因进行全面、系统层面理解的必要性。冰岛大学等多中心研究团队利用迄今为止最大型血清蛋白质组学研究之一的数据开发了因果网络推断框架，该研究包含了前瞻性、基于人群的年龄、基因/环境易感性-雷克雅未克研究（AGES）队列中 7523 种血清蛋白的测量，该队列涵盖了 5376 名老年人。利用顺式作用蛋白定量性状位点（pQTLs）作为因果推断框架下的工具变量，旨在减少隐藏的混杂因素，识别出 185 个高置信度因果血清蛋白亚网，这些亚网与 5611 个靶点共同作用。若干亚网络，许多构成了方向关系的层级框架，与多种心代谢性状显著相关，并与未来心肌梗死及其长期并发症心力衰竭的风险相关。▼扫码阅读原文从诊断到治疗及复发的人类胶质瘤多组态景观Multi-omic landscape of human gliomas from diagnosis to treatment and recurrence胶质瘤是最致命的癌症之一，治疗选择有限。为揭示其治疗逃逸的标志和肿瘤微环境（TME）景观，斯坦福大学医学院Sean C. Bendall研究团队对来自 310 名成人和儿童患者的 670 个病灶应用了空间蛋白质组学、转录组学和糖组学分析。单细胞分析显示，在胶质母细胞瘤（GBM）和多形性黄色星形细胞瘤中，B7H3 阳性肿瘤细胞普遍存在；然而，包括儿童病例在内的大多数胶质瘤中，可靶向的肿瘤抗原在少于 50% 的肿瘤细胞中表达，这或许解释了一些临床试验的失败。对成对的异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变胶质瘤样本分析发现，复发是由肿瘤-免疫空间重组驱动的：从富含T细胞和血管相关髓系细胞的生态位，转变为以小胶质细胞和 CD206+ 巨噬细胞为主导的肿瘤。多组学整合分析鉴定出N-糖基化是区分肿瘤级别的最佳分类器，而免疫转录组最能预测胶质母细胞瘤的生存期。为胶质瘤的靶向治疗、分类、预后预测以及了解各阶段TME组成提供了框架和基线。▼扫码阅读原文基于质谱的单细胞组蛋白翻译后修饰剖析染色质异质性Mass spectrometry-based profiling of single-cell histone post-translational modifications to dissect chromatin heterogeneity单细胞蛋白质组学能够可靠地量化细胞异质性，然而对翻译后修饰（如组蛋白上的修饰）的定量分析仍然难以实现。麻省理工学院与哈佛大学布罗德研究所等多中心合作研究开发了一种基于质谱的单细胞组蛋白翻译后修饰分析方法（sc-hPTM）。该方法能够无偏倚地同时鉴定单个以及组合形式的组蛋白翻译后修饰（共 67 种肽段形式），涵盖了几乎所有被频繁研究的组蛋白修饰，且重现性可与传统的批量实验相媲美。用组蛋白去乙酰化酶抑制剂丁酸钠处理细胞，该方法能够：i) 区分处理与未处理的细胞；ii) 识别对处理存在异质性反应的细胞亚群；iii) 揭示在药物处理背景下组蛋白翻译后修饰的差异性共调控。sc-hPTM方法使得在单细胞分辨率上全面研究染色质异质性成为可能，并促进了对“组蛋白密码”的进一步理解。▼扫码阅读原文血浆蛋白质组学探讨抗PD-(L)1在晚期实体肿瘤中的益处：一项前瞻性试点研究Plasma proteomics to explore benefit from anti-PD-(L)1 in advanced solid tumors: a prospective pilot study抗PD-(L)1疗法已广泛应用于多种癌症的治疗，但能从治疗中获益的患者比例仍然很低，且患者筛选工具尚不完善。该研究探讨了血浆蛋白质组学是否能用于探索抗PD-(L)1抗体的治疗效果。芬兰奥卢大学及其附属医院Jussi Koivunen研究团队纳入了 56 名接受抗PD-(L)1治疗的多种实体瘤患者，采用包含 92 种免疫肿瘤相关生物标志物的邻近延伸分析检测面板对治疗前的血浆样本进行蛋白质组学分析。研究了蛋白质表达与影像学结局和生存期的关联，并评估了预测客观缓解率、疾病控制率和总生存期的模型。所有分析均在汇总探索性框架下进行。研究发现，包括ADGRG1和ARG1在内的多种蛋白质与影像学反应相关。其中，ARG1预测ROC曲线下面积分别为 0.68（ORR）和 0.53（DCR）。研究构建了用于预测影像学反应和长期生存的机器学习模型。对于总生存期，一个六蛋白Cox比例风险模型能够区分风险组（风险比为4.8；95% 置信区间为 2.1-10.9），而更大的蛋白组合虽然能增强区分度，但容易过拟合，需要进一步验证。无监督聚类分析未显示出按肿瘤类型的主导性分离。这项小型前瞻性异质性队列的研究结果表明，血浆蛋白质组学在预测多种晚期实体瘤患者从抗PD-(L)1疗法中获益方面，显示出有前景但尚属初步的结果。关于DCR和ORR模型的发现应被视为探索性的，在临床应用前需要在肿瘤特异性和泛癌种层面进行外部验证。▼扫码阅读原文单细胞蛋白质组分析定义了人类胶质母细胞瘤中离散的中性粒细胞功能状态Single cell proteomic analysis defines discrete neutrophil functional states in human glioblastoma中性粒细胞是重要的先天免疫细胞，已被证明能浸润胶质母细胞瘤，但目前对它们在肿瘤生态位内的功能状态的分子理解尚不足。鉴于中性粒细胞在mRNA与蛋白质丰度之间表现出明显的不一致，爱丁堡大学再生与修复研究所炎症研究中心和奥地利科学院维也纳生物中心等多中心合作开发了超灵敏的微型体质和单细胞蛋白质组（SCP）工作流程，以研究胶质母细胞瘤患者外周血和肿瘤相关中性粒细胞（TAN）的异质性。微量群体分析实现了对循环中未成熟、成熟中性粒细胞及TAN群体更深的蛋白质覆盖，定义了成熟度的特征，并证明TAN与成熟的循环中性粒细胞相似。对SCP数据的分析实现了从单个TAN中检测到超过 1100 种蛋白质，从而对胶质母细胞瘤中的中性粒细胞亚群进行了详细表征。研究方法揭示了致病性（促瘤）和抗肿瘤性的细胞簇，并发现了单细胞RNA测序（scRNAseq）无法检测到的细胞状态，这为选择性靶向促瘤中性粒细胞状态开辟了新的机遇。▼扫码阅读原文抗脂源性低碳水化合物高多不饱和脂肪饮食或健康北欧饮食与常规护理对 2 型糖尿病或糖尿病前期患者肝脏脂肪及心脏代谢紊乱的影响：一项随机对照试验 (NAFLDiet)Effects of an anti-lipogenic low-carbohydrate high polyunsaturated fat diet or a healthy Nordic diet versus usual care on liver fat and cardiometabolic disorders in type 2 diabetes or prediabetes: a randomized controlled trial (NAFLDiet)多不饱和脂肪酸（PUFA）与饱和脂肪相比已被证明可以减少肝脏脂肪，但用PUFA替代碳水化合物的新型“抗脂源性”饮食（LCPUFA）或富含全谷物的低脂健康北欧饮食（HND）的效果尚不清楚。该研究旨在探讨在糖尿病前期或 2 型糖尿病（T2D）个体中，与常规护理（UC）相比，这些饮食干预 12 个月后对肝脏脂肪（主要结局）及相关血糖和脂质紊乱的影响。一项三臂平行、随意进食的随机试验于 2022 年 12 月完成。结局评估者和护理提供者对参与者的饮食分配保持盲态。瑞典乌普萨拉大学等学科合作团队通过在乌普萨拉大学医院进行研究，将 150 名患有糖尿病前期或T2D（占55%）的男性和女性被按 1:1:1 的比例随机分配（按性别和T2D状态分层），采用一般线性模型来估计意向治疗效应。与UC组（n=43）相比，LCPUFA饮食组（n=54）和HND组（n=51）均减少了肝脏脂肪，分别减少 -1.46%（95% CI：-2.42，-0.51）和 -1.76%（95% CI：-2.96，-0.57）。LCPUFA与HND之间在减少肝脏脂肪方面未观察到差异。与其它饮食相比，HND在降低体重和糖化血红蛋白方面效果更佳，而LCPUFA与UC之间在这些指标上未观察到差异。与UC相比，HND和LCPUFA饮食在降低低密度脂蛋白胆固醇方面效果相似，但只有HND能降低甘油三酯、炎症标志物和肝脏酶。总共发生了 4 例严重不良事件，分布在各个组中。与常规护理相比，一种以植物为主、随意进食的LCPUFA饮食和HND同样能减少肝脏脂肪和低密度脂蛋白胆固醇。即使在没有刻意限制能量的情况下，HND还能进一步改善体重、血糖控制、肝脏生化指标、甘油三酯和炎症，这表明HND是管理T2D和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的一种临床可行饮食方案。▼扫码阅读原文
